In-vitro-Diagnostik

Das Innovationsfeld In-vitro-Diagnostik steht für die Etablierung, Entwicklung und Verwertung diagnostischer Verfahren für biologische und medizinische Anwendungsgebiete. Dabei werden innovative Verfahren der Molekularbiologie, Biochemie und der Bioinformatik entwickelt, kombiniert und angewendet.

Die Technologie der Hochdurchsatzsequenzierung von Nukleinsäuren (Next-Generation Sequencing, NGS) stellt dabei eine der zentralen Technologieplattformen innerhalb des Innovationsfelds dar. So nutzen wir NGS für die De-novo-Sequenzierung von Bakterien und Pilzen, Transkriptionsprofilanalysen, die Identifizierung relevanter Gene und das Screening nach Biomarkern für die (personalisierte) Diagnostik verschiedener klinischer Indikationen.

Dazu steht selbstverständlich die entsprechende Hardware-Infrastruktur zur automatisierten Probenaufarbeitung, zur Hochdurchsatzsequenzierung sowie zur bioinformatischen Analyse komplexer Datenmengen für Kooperations- und Verbundprojekte sowie für Forschungsaufträge industrieller Kunden zur Verfügung. Damit hat das Innovationsfeld die Möglichkeit, komplette Workflows von der Probe (Klinik, Umwelt, Biotechnologie etc.) über die molekularbiologische Analyse (Hochdurchsatzsequenzierung) bis hin zur bioinformatischen Auswertung aus einer Hand anbieten zu können.

 

Arbeitsgebiete und Technologien

  • NGS-basierte Diagnostik
  • Präzisionsdiagnostik und Biomarker
  • Microbiomics
  • Umweltgenomics
  • Bioinformatics

Angebot und Anwendungen

 

Next-Generation Diagnostics

Trotz guter medizinischer Standards gibt es bei vielen Erkrankungen bis zum heutigen Tag nur unzulängliche diagnostische Verfahren. Wir nutzen die Technologie des Next-Generation Sequencing, um neue Biomarker für eine verbesserte Diagnostik von beispielsweise Prostatakrebs, COPD oder Infektionserkrankungen zu identifizieren.

 

Präzisionsdiagnostik mikrobieller Resistenzen und Umweltmonitoring der Resistenzentwicklung

Mikrobielle Resistenzen gegen Antibiotika sind ein weltweites Problem. Das Verfahren des Next Generation Sequencing eröffnet neue Möglichkeiten zur Resistenzerkennung wie auch zum Monitoring von Resistenzen aus einer Vielzahl an biologischen Proben.

 

Genomics für die weiße und Umweltbiotechnologie

NGS-Genomanalysen setzen wir ebenfalls zur Charakterisierung von Mikroorganismen für die industrielle Biotechnologie ein. Darüber hinaus entwickeln wir Verfahren zur qualitativen und quantitativen Erfassung komplexer mikrobieller Metagenome und -transkriptome für die Umweltbiotechnologie.

Leistungsangebot

In unserer Arbeitsgruppe haben wir einen dreistufigen Arbeitsprozess etabliert, der die Schritte der Probenaufbereitung und der Sequenzierung im Labor wie auch die abschließende, bioinformatische Analyse abdeckt.

Die mittlerweile sehr umfangreiche Auswahl an Probenaufbereitungsprotokollen und bioinformatischen Auswertungsstrategien erschließt uns dabei Anwendungsgebiete, die von Sequenzierungen des humanen Erbmaterials mit Fokus auf der Früherkennung von Tumorerkrankungen, über De-novo-Genom- und De-novo-Transkriptomsequenzierungen biotechnologisch relevanter Produktionsstämme oder humanpathogener Erreger bis hin zu detaillierten Bestimmungen komplexer Bakterienpopulationen in Biozönosen (Metagenome) reichen.

Ausstattung

QIAcube (Qiagen)

  • automatisierte Probenvorbereitung mit Qiagen Kits bis zu 12 Proben


Axio Observer.Z1 Mikroskop (Zeiss)

  • ApoTome
  • Fluoreszenzmikroskopie


BioAnalyzer 2100 (Agilent)

  • Qualitätskontrolle und Quantifizierung von RNA und DNA


Biomek Fx (Beckman Coulter)

  • flexibel programmierbare Protokolle


GS Junior (Roche)

  • Pyrosequenzierung mit langen Leselängen von bis zu 700 bp


HiSeq2500 (Illumina)

  • Hochdurchsatzsequenzierung im High-Throughput oder Rapid Mode vielfältige Kits zur Probenvorbereitung je nach Fragestellung


HPC

  • High-Performance Rechencluster mit vier Recheneinheiten (100 CPUs, 770GB RAM)
    Backup über on-site Tape-Library

Etablierte NGS-Technologien am Fraunhofer IGB

  • DNA/RNA-Extraktionen aus verschiedensten Materialien etabliert
    • Pilze und Bakterien aus Reinkultur oder Biozönosen
    • Tierisches und pflanzliches Gewebe (auch FFPE)
    • Blut-, Stuhl- und Umweltproben

 

  • Umfassendes Repertoire an spezifischen Protokollen verfügbar
    • DNA-Seq: Whole Genome Shotgun (WGS), 165 Amplikons, Enrichments
    • RNA-Seq: polyA+, small RNA, ncRNA, Strangspezifität, rRNA- und/oder Globin-Abreicherungen
    • Automatisierung am Biomek FX

 

Sequenzierung Illumina NextSeq 2000 Max. Leselänge Reads/
Flowcell
Kapazität/
Flowcell
Vorteile
High output run mode 2x150 Basen 1,1 Mrd 330 GB vielfältig einsetzbar,
hoher Durchsatz
Rapid run mode 2x150 Basen 400 Mio 120 GB schnelle Daten-
lieferzeiten

Infomaterialien

 

Broschüre »Next-Generation Sequencing«

Wissenschaftliche Publikationen

Jahr
Year
Titel/Autor:in
Title/Author
Publikationstyp
Publication Type
2024 Discrimination of pancreato-biliary cancer and pancreatitis patients by non-invasive liquid biopsy
Hartwig, Christina; Müller, Jan; Klett, Hagen; Kouhestani, Dina; Mittelstädt, Anke; Anthuber, Anna; David, Paul; Brunner, Maximilian; Jacobsen, Anne; Glanz, Karolina; Swierzy, Izabela; Roßdeutsch, Lotta; Klösch, Bettina; Grützmann, Robert; Wittenberger, Timo; Sohn, Kai; Weber, Georg F.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2023 Identification of two early blood biomarkers ACHE and CLEC12A for improved risk stratification of critically ill COVID-19 patients
Kattner, Simone; Müller, Jan; Glanz, Karolina; Manoochehri, Mehdi; Sylvester, Caroline Hannelore; Vainshtein, Yevhen; Berger, Marc Moritz; Brenner, Thorsten; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2023 IL-3 orchestrates ulcerative colitis pathogenesis by controlling the development and the recruitment of splenic reservoir neutrophils
Bénard, Alan; Mittelstädt, Anke; Klösch, Bettina; Glanz, Karolina; Müller, Jan; Schoen, Janina; Nüse, Björn; Brunner, Maximilian; Naschberger, Elisabeth; Stürzl, Michael; Mattner, Jochen; Muñoz, L. E.; Sohn, Kai; Grützmann, Robert; Weber, Georg Ferdinand
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2023 Current Applications of Liquid Biopsy in Gastrointestinal Cancer Disease - from Early Cancer Detection to Individualized Cancer Treatment
David, Paul; Mittelstädt, Anke; Kouhestani, Dina; Anthuber, Anna; Kahlert, Christoph; Sohn, Kai; Weber, Georg Ferdinand
Review
2023 From Gut to Blood: Spatial and Temporal Pathobiome Dynamics during Acute Abdominal Murine Sepsis
Hartwig, Christina; Drechsler, Susanne; Vainshtein, Yevhen; Maneth, Madeline; Schmitt, Theresa; Ehling-Schulz, Monika; Osuchowski, Marcin Filip; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2023 The 2‐methylpropene degradation pathway in Mycobacteriaceae family strains
Helbich, Steffen; Barrantes, Israel; Anjos Borges, Luiz Gustavo dos; Pieper, Dietmar H.; Vainshtein, Yevhen; Sohn, Kai; Engesser, Karl‐Heinrich
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2022 Transcriptome-proteome compendium of the Antarctic krill (Euphausia superba)
Möller, L.; Vainstein, Yevhen; Wöhlbrand, L.; Dörries, M.; Meyer, B.; Sohn, Kai; Rabus, R.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2021 Next-generation sequencing diagnostics of bacteremia in pediatric sepsis
Schmoch, T.; Westhoff, J.H.; Decker, S.O.; Skarabis, A.; Hoffmann, G.F.; Dohna-Schwake, C.; Felderhoff-Müser, U.; Skolik, C.; Feisst, M.; Klose, C.; Bruckner, T.; Luntz, S.; Weigand, M.A.; Sohn, K.; Brenner, T.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2021 Presence of viremia during febrile neutropenic episodes in patients undergoing chemotherapy for malignant neoplasms
Obrová, K.; Grumaz, Silke; Remely, M.; Czurda, S.; Krickl, I.; Herndlhofer, S.; Gleixner, K.V.; Sperr, W.R.; Größlinger, L.; Frank, T.; Andrade, N.; Egger-Matiqi, T.; Peters, C.; Engstler, G.; Dworzak, M.; Attarbaschi, A.; Grotel, M. van; Heuvel-Eibrink, M.M. van den; Moiseev, I.S.; Rogacheva, Y.; Zubarovskaya, L.; Zubarovskaya, N.; Pichler, H.; Lawitschka, A.; Koller, E.; Keil, F.; Valent, P.; Sohn, K.; Lion, T.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2020 Draft Genome Sequence of Andreprevotia sp. Strain IGB-42, a Chitinolytic Bacterium Isolated from a Soil Sample of an Anthill in Stuttgart, Germany
Vainshtein, Y.; Werner, Nicole; Kirstahler, Philipp; Glanz, K.; Grumaz, Christian; Hahn, T.; Zibek, S.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2020 Rapid Next-Generation Sequencing - Based Diagnostics of Bacteremia in Septic Patients
Grumaz, Christian; Hoffmann, A.; Vainshtein, Y.; Kopp, M.; Grumaz, Silke; Stevens, Philip; Decker, S.O.; Weigand, M.A.; Hofer, S.; Brenner, T.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2019 New approaches for the detection of invasive fungal diseases in patients following liver transplantation - results of an observational clinical pilot study
Decker, Sebastian O.; Krüger, Albert; Wilk, Henryk; Grumaz, Silke; Vainshtein, Yevhen; Schmitt, Felix C.F.; Uhle, Florian; Bruckner, Thomas; Zimmermann, Stefan; Mehrabi, Arianeb; Mieth, Markus; Weiss, Karl Heinz; Weigand, Markus A.; Hofer, Stefan; Sohn, Kai; Brenner, Thorsten
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2019 Stable Redox-Cycling Nitroxide Tempol Has Antifungal and Immune-Modulatory Properties
Hosseinzadeh, A.; Stylianou, M.; Lopes, J.P.; Müller, D.C.; Häggman, A.; Holmberg, S.; Grumaz, Christian; Johansson, A.; Sohn, K.; Dieterich, C.; Urban, C.F.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2019 Enhanced performance of next-generation sequencing diagnostics compared with standard of care microbiological diagnostics in patients suffering from septic shock
Grumaz, Silke; Grumaz, Christian; Vainshtein, Yevhen; Stevens, Philip; Glanz, Karolina; Decker, Sebastian O.; Hofer, Stefan; Weigand, Markus A.; Brenner, Thorsten; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2019 Obstructed defecation - an enteric neuropathy? An exploratory study of patient samples
Kim, M.; Rosenbaum, C.; Schlegel, N.; Grumaz, Christian; Sohn, K.; Isbert, C.; Walles, Heike; Metzger, M.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2018 Localization and functional characterization of the pathogenesis-related proteins Rbe1p and Rbt4p in Candida albicans
Bantel, Y.; Darwiche, Rabih; Rupp, Steffen; Schneiter, Roger; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2018 Microbiome dynamics and adaptation of expression signatures during methane production failure and process recovery
Grohmann, Anja; Fehrmann, S.; Vainshtein, Y.; Haag, N.L.; Wiese, F.; Stevens, Philip; Naegele, H.-J.; Oechsner, H.; Hartsch, T.; Sohn, K.; Grumaz, Christian
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2018 Genetic repertoires of anaerobic microbiomes driving generation of biogas
Grohmann, Anja; Vainshtein, Yevhen; Euchner, Ellen; Grumaz, Christian; Bryniok, Dieter; Rabus, Ralf; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2018 A novel cytochrome P450 mono-oxygenase from Streptomyces platensis resembles activities of human drug metabolizing P450s
Worsch, Anne; Eggimann, Fabian K.; Girhard, Marco; Bühler, Clemens J. von; Tieves, Florian; Czaja, Rico; Vogel, Andreas; Grumaz, Christian; Sohn, Kai; Lütz, Stephan; Kittelmann, Matthas; Urlacher, Vlada B.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2018 Next-generation sequencing diagnostics of bacteremia in sepsis (Next GeneSiS-Trial): Study protocol of a prospective, observational, noninterventional, multicenter, clinical trial
Brenner, Thorsten; Decker, Sebastian O.; Grumaz, Silke; Stevens, Philip; Bruckner, Thomas; Schmoch, Thomas; Pletz, Mathias W.; Bracht, Hendrik; Hofer, Stefan; Marx, Gernot; Weigand, Markus A.; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2017 Immune cell-supplemented human skin model for studying fungal infections
Kühbacher, Andreas; Sohn, Kai; Burger-Kentischer, Anke; Rupp, Steffen
Aufsatz in Buch
Book Article
2017 Dual transcriptome of the immediate neutrophil and Candida albicans interplay
Niemiec, M.J.; Grumaz, Christian; Ermert, D.; Desel, C.; Shankar, M.; Lopes, J.P.; Mills, I.G.; Stevens, Philip; Sohn, K.; Urban, C.F.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2017 The molecular blueprint of a fungus by next-generation sequencing (NGS)
Grumaz, Christian; Kirstahler, Philipp; Sohn, Kai
Aufsatz in Buch
Book Article
2017 Draft genome sequence of Pseudonocardia autotrophica strain DSM 43083, an efficient producer of peroxidases for lignin modification
Grumaz, Christian; Rais, Dominik; Kirstahler, Philipp; Vainshtein, Yevhen; Rupp, Steffen; Zibek, Susanne; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2017 Correction to: Dual transcriptome of the immediate neutrophil and Candida albicans interplay
Niemiec, M.J.; Grumaz, Christian; Ermert, D.; Desel, C.; Shankar, M.; Lopes, J.P.; Mills, I.G.; Stevens, Philip; Sohn, K.; Urban, C.F.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2017 Immune-response patterns and next generation sequencing diagnostics for the detection of mycoses in patients with septic shock - results of a combined clinical and experimental investigation
Decker, S.O.; Sigl, A.; Grumaz, Christian; Stevens, Philip; Vainshtein, Y.; Zimmermann, S.; Weigand, M.A.; Hofer, S.; Sohn, K.; Brenner, T.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2017 Antifungal defense of probiotic Lactobacillus rhamnosus GG is mediated by blocking adhesion and nutrient depletion
Mailänder-Sánchez, D.; Braunsdorf, C.; Grumaz, Christian; Müller, C.; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Wagener, J.; Hebecker, B.; Hube, B.; Bracher, F.; Sohn, K.; Schaller, M.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2017 Method and device for nucleic acid based diagnostic approaches including the determination of a deviant condition, especially a health condition and/or pathogenic condition of a sample
Stevens, Philip; Sohn, Kai; Grumaz, Silke; Haeseler, Arndt von
Patent
2017 Central role for dermal fibroblasts in skin model protection against Candida albicans
Kühbacher, Andreas; Henkel, H.; Stevens, Philip; Grumaz, Christian; Finkelmeier, D.; Burger-Kentischer, A.; Sohn, K.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2017 Draft genome sequences of three Actinobacteria strains presenting new candidate organisms with high potentials for specific P450 cytochromes
Grumaz, Christian; Vainshtein, Y.; Kirstahler, Philipp; Luetz, S.; Kittelmann, M.; Schroer, K.; Eggimann, F.K.; Czaja, R.; Vogel, A.; Hilberath, T.; Worsch, A.; Girhard, M.; Urlacher, V.B.; Sandberg, M.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2016 A method to identify protein antigens of Dermanyssus gallinae for the protection of birds from poultry mites
Makert, Gustavo R.; Vorbrüggen, Susanne; Krautwald-Junghanns, Maria-Elisabeth; Voss, Matthias; Sohn, Kai; Buschmann, Tilo; Ulbert, Sebastian
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2016 Transcriptomics and physiological analyses reveal co-ordinated alteration of metabolic pathways in Jatropha curcas drought tolerance
Sapeta, Helena; Lourenco, Tiago; Lorenz, Stefan; Grumaz, Christian; Kirstahler, Philipp; Barros, Pedro M.; Costa, Joaquim Miguel; Sohn, Kai; Oliveira, M. Margarida
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2016 Next-generation sequencing diagnostics of bacteremia in septic patients
Grumaz, Silke; Stevens, Philip; Grumaz, Christian; Decker, Sebastian O.; Weigand, Markus A.; Hofer, Stefan; Brenner, Thorsten; Haeseler, Arndt von; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2016 Advanced green biorefining: Effects of ensiling treatments on lactic acid production, microbial activity and supplementary methane formation of grass and rye
Haag, Nicola Leonard; Grumaz, Christian; Wiese, Franziska; Kirstahler, Philipp; Merkle, Wolfgang; Nägele, Hans-Joachim; Sohn, Kai; Jungbluth, Thomas; Oechsner, Hans
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2015 Transcriptomic profiling of Pseudozyma aphidis during mannosylerythritol lipid synthesis
Günther, Michael; Grumaz, Christian; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Lindemann, Elena; Hirth, Thomas; Sohn, Kai; Zibek, Susanne; Rupp, Steffen
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2015 Draft genome sequence of Amantichitinum ursilacus IGB-41, a new chitin-degrading bacterium
Kirstahler, Philipp; Günther, Michael; Grumaz, Christian; Lindemann, Elena; Rupp, Steffen; Zibek, Susanne; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2015 The transcriptomic profile of Pseudozyma aphidis during production of mannosylerythritol lipids
Günther, Michael; Grumaz, Christian; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Lindemann, Elena; Hirth, Thomas; Sohn, K.; Zibek, S.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2015 Stoffwechselanalysen in komplexen mikrobiellen Biozönosen
Stevens, Philip; Grumaz, Christian; Wiese, F.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2015 Anaerobe Batch-Fermentation mit Mais- und Amaranthsilagen: Biogasproduktion und molekulare Charakterisierung mikrobieller Gemeinschaften
Kempter-Regel, Brigitte; Grumaz, Christian; Wiese, Franziska; Scherge, Katharina; Birk, Carolin; Schließmann, Ursula; Stevens, Philip; Sohn, Kai; Bryniok, Dieter
Konferenzbeitrag
Conference Paper
2014 An in vivo photo-cross-linking approach reveals a homodimerization domain of Aha1 in S. cerevisiae
Berg, M.; Michalowski, A.; Palzer, Silke; Rupp, S.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2014 Genome sequence of the basidiomycetous fungus Pseudozyma aphidis DSM70725, an efficient producer of biosurfactant mannosylerythritol lipids
Lorenz, Stefan; Günther, Michael; Grumaz, Christian; Rupp, Steffen; Zibek, Susanne; Sohn, Kai
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2013 A family of secreted pathogenesis-related proteins in Candida albicans
Röhm, M.; Lindemann, Elena; Hiller, Ekkehard; Ermert, D.; Lemuth, Karin; Trkulja, D.; Sogukpinar, O.; Brunner, H.; Rupp, S.; Urban, C.F.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2013 Characterization of the protective and immunregulatory activity of probiotic lactobacilli in mucosal Candidiasis
Mailander-Sanchez, D.; Wagener, J.; Braunsdorf, C.; Grumaz, Christian; Lorenz, S.; Sohn, K.; Wehkamp, J.; Schaller, M.
Konferenzbeitrag
Conference Paper
2013 Species and condition specific adaptation of the transcriptional landscapes in Candida albicans and Candida dubliniensis
Grumaz, Christian; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Lindemann, Elena; Schock, U.; Retey, J.; Rupp, S.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2013 An expanded genetic code in Candida albicans to study protein-protein interactions in vivo
Palzer, Silke; Bantel, Y.; Kazenwadel, F.; Berg, M.; Rupp, S.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2013 Metatranscriptome analysis reveals new insights in probiotic/host/Candida interaction in oral Candidiasis
Mailander-Sanchez, D.; Wagener, J.; Braunsdorf, C.; Grumaz, Christian; Lorenz, S.; Sohn, K.; Schaller, M.
Konferenzbeitrag
Conference Paper
2012 Differential metatranscriptomic profiling during Candida infections
Grumaz, Christian; Hoffmann, H.; Lorenz, Stefan; Lindemann, Elena; Stevens, Philip; Rupp, S.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2012 An expanded genetic code in Candida albicans to study molecular interactions in vivo
Palzer, Silke; Bantel, Y.; Kazenwadel, F.; Berg, M.; Rupp, S.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2012 Highly-integrated lab-on-chip system for point-of-care multiparameter analysis
Schumacher, Soeren; Nestler, Jörg; Otto, Thomas; Wegener, Michael; Ehrentreich-Förster, Eva; Michel, Dirk; Wunderlich, Kai; Palzer, Silke; Sohn, Kai; Weber, Achim; Burgard, Matthias; Grzesiak, Andrzej; Teichert, Andreas; Brandenburg, Albrecht; Koger, Birgit; Albers, Jörg; Nebling, Eric; Bier, Frank F.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2011 Adaptation, adhesion and invasion during interaction of Candida albicans with the host. Focus on the function of cell wall proteins
Hiller, Ekkehard; Zavrel, M.; Hauser, N.C.; Sohn, K.; Burger-Kentischer, A.; Lemuth, Karin; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2010 A multidimensional electrophoretic system of separation for the analysis of gene expression (MESSAGE)
Lindemann, Elena; Rohde, B.; Rupp, S.; Regenbogen, J.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2009 Characterization of genes encoding for cell surface proteins induced during hostpathogen interaction
Zavrel, M.; Hernandez, R.; Sohn, K.; Hauser, N.; Rupp, S.
Konferenzbeitrag
Conference Paper
2009 Human epithelial model systems for the study of Candida infections in vitro. Pt.I: Adhesion to epithelial models
Sohn, K.; Rupp, S.
Aufsatz in Buch
Book Article
2009 Host-pathogen interactions
Sammelband
Anthology
2008 Organotypical tissue cultures from adult murine colon as an in vitro model of intestinal mucosa
Bareiss, P.M.; Metzger, M.; Sohn, K.; Rupp, S.; Frick, J.S.; Autenrieth, I.B.; Lang, F.; Schwarz, H.; Skutella, T.; Just, L.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2007 A novel conserved nuclear localization signal is recognized by a group of yeast importins
Fries, T.; Betz, C.; Sohn, K.; Caesar, S.; Schlenstedt, G.; Bailer, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2006 Verbessertes elektrophoretisches Trennverfahren fuer die Analyse der Genexpression
Sohn, Kai; Rupp, S.
Patent
2006 Getting in touch with Candida albicans: The cell wall of a fungal pathogen
Sohn, K.; Schwenk, J.; Urban, C.F.; Lechner, J.; Schweikert, M.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2006 An in vitro assay to study the transcriptional response during adherence of Candida albicans to different human epithelia
Sohn, K.; Senyürek, I.; Fertey, J.; Königsdorfer, A.; Joffroy, C.; Hauser, N.C.; Zelt, G.; Brunner, H.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2006 Controlled cell attachment, using plasma deposited polymer microstructures: A novel study of cells-substrate interactions
Sciarratta, V.; Sohn, K.; Burger-Kentischer, A.; Brunner, H.; Oehr, Christian
Aufsatz in Buch
Book Article
2006 Universelles Verfahren für die Genexpressionsanalyse
Lindemann, Elena; Rupp, S.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2005 The moonlighting protein Tsa1p is implicated in oxidative stress response and in cell wall biogenesis in Candida albicans
Urban, C.F.; Sohn, K.; Schröppel, K.; Brunner, H.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2005 Identification and Characterization of Cor33p, a novel protein implicated in tolerance towards oxidative stress in Candida albicans
Sohn, K.; Röhm, M.; Urban, C.F.; Saunders, N.; Rothenstein, D.; Lottspeich, F.; Schröppel, K.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2005 Thioredoxin-Peroxidase von C. albicans als virulenzspezifischer Marker
Urban, C.; Sohn, Kai; Brunner, H.; Rupp, S.
Patent
2005 Identification of covalently-linked proteins in the cell wall of C. albicans
Hiller, E.; Sohn, K.; Urban, Constantin; Gnau, V.; Nordheim, A.; Brunner, H.; Rupp, S.
Konferenzbeitrag
Conference Paper
2005 The transcriptional response in C. albicans during adhesion to mammalian epithelia
Sohn, K.; Senyürek, I.; Hauser, N.; Zelt, G.; Brunner, H.; Rupp, S.
Konferenzbeitrag
Conference Paper
2004 RBR1, a novel pH-regulated cell wall gene of Candida albicans, is repressed by RIM101 and activated by NRG1
Lotz, H.; Sohn, K.; Brunner, H.; Mühlschlegel, F.A.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2003 EFG1 is a major regulator of cell wall dynamics in Candida albicans as revealed by DNA microarrays
Sohn, K.; Urban, C.F.; Brunner, H.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2003 Identification of cell surface determinants in Candida albicans reveals Tsa1p, a protein differentially localized in the cell
Urban, C.F.; Sohn, K.; Lottspeich, F.; Brunner, H.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2003 Identification of cell surface determinants in Candida albicans
Urban, C.F.; Sohn, K.; Lottspeich, F.; Schweikert, M.; Brunner, H.; Rupp, S.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2003 Biochips mit Dimorphismus-spezifischen Faktoren aus Candida albicans
Sohn, Kai; Rupp, S.; Brunner, H.
Patent
2001 Regulation of cell wall dynamics in Candida albicans by CPH1 and EFG1, two transcription factors essential for virulence
Sohn, Kai; Urban, Constantin; Brunner, Herwig; Rupp, Steffen
Konferenzbeitrag
Conference Paper
2001 Hyphenspezifische Faktoren aus Candida albicans
Rupp, S.; Johannes, F.; Sohn, Kai
Patent
2000 A microarray enzyme-linked immunosorbent assay for autoimmune diagnostics
Joos, T.O.; Schrenk, M.; Hopfl, P.; Kroger, K.; Chowdhury, U.; Stoll, D.; Schnorer, D.; Durr, M.; Herick, K.; Rupp, S.; Sohn, K.; Hammerle, H.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
2000 Localization and topology of ratp28, a member of a novel family of putative steroid-binding proteins
Nölte, I.; Jeckel, D.; Wieland, F.T.; Sohn, K.
Zeitschriftenaufsatz
Journal Article
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